1．生化鑒定

是細(xì)菌鑒定中最重要的一種，主要是借助細(xì)菌對營養(yǎng)物質(zhì)分解能力的不同及其代謝產(chǎn)物的差異對細(xì)菌進行鑒定，包括蛋白質(zhì)分解產(chǎn)物試驗、觸酶試驗、糖分解產(chǎn)物試驗、氧化酶試驗、凝固酶試驗等。

2．血清學(xué)鑒定

適用于含較多血清型的細(xì)菌，常用方法是玻片凝集試驗，并可用免疫熒光法、協(xié)同凝集試驗、對流免疫電泳、間接血凝試驗、酶聯(lián)免疫吸附試驗等方法快速、靈敏地檢測樣本中致病菌的特異性抗原。用已知抗體檢測未知抗原（待檢測的細(xì)菌），或用已知抗原檢測患者血清中的相應(yīng)抗細(xì)菌抗體及其效價。血清學(xué)鑒定操作簡單快速，特異性高，可在生化鑒定基礎(chǔ)上為細(xì)菌鑒定提供確定診斷。

3．分子生物學(xué)檢測

適用于人工培養(yǎng)基不能生長、生長緩慢及營養(yǎng)要求高不易培養(yǎng)的細(xì)菌，檢測方法包括核酸擴增技術(shù)、核酸雜交、生物芯片及基因測序等。常見的核酸擴增技術(shù)有聚合酶鏈反應(yīng)、連接酶鏈反應(yīng)等，主要用于耐甲氧xi林、結(jié)核分枝桿菌等病原菌的檢測。核酸雜交有斑點雜交、原位雜交等，用于致病性大腸埃希菌、沙門菌、空腸彎曲菌等致病菌的檢測。生物芯片包括基因芯片和蛋白質(zhì)芯片，主要是對基因、蛋白質(zhì)、細(xì)胞及其他生物進行大信息量分析的檢測技術(shù)。

4．微生物自動鑒定系統(tǒng)鑒定

可快速、準(zhǔn)確地對臨床近千種常見分離菌進行鑒定，目前已在臨床實驗室廣泛使用。其中，細(xì)菌16S rRNA編碼基因已成為較理想的基因分離靶序列，逐漸成為臨床細(xì)菌鑒定、分離的金標(biāo)準(zhǔn)。

5．質(zhì)譜技術(shù)

是近年來發(fā)展起來的一種新型的軟電離生物質(zhì)譜，用于分析細(xì)菌的化學(xué)分類和鑒定，具有高靈敏度和高質(zhì)量檢測范圍的優(yōu)點。主要是對核酸、蛋白質(zhì)、多肽等生物大分子串聯(lián)質(zhì)譜進行分析。